sge-test.sh

#!/bin/sh
#$ -pe gpu 1
#$ -q mmb-gpu.q
#$ -cwd


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## load environment
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module load acemd-0.2
module load gromacs-4.5.1-openmm
module load gromacs-4.5.3-gpu

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## read the gpu variables
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setenv machine `cat $TMPDIR/machine`
echo "machine $machine"
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# machine values {g001.mmb.pcb.ub.es,g002.mmb.pcb.ub.es,g003.mmb.pcb.ub.es,g004.mmb.pcb.ub.es}
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setenv gpumachine `cat $TMPDIR/gpumachine`
echo "gpumachine $gpumachine"
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# gpumachine values {0,1,2,3}
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## example runing acemd
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#acemd file.conf --device $gpumachine



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## assing the gpu variables for gromacs-openmm
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setenv OPENMM_PLATFORM Cuda
setenv CudaDevice $gpumachine

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# example runing gromacs-openmm
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#mdrun-openmm -s file.tpr 

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## assing the gpu variables for gromacs-gpu
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setenv ACCELERATION OpenMM
setenv deviceid $gpumachine
setenv parameter1 `echo "$ACCELERATION":"deviceid=$deviceid"`
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# example runing gromacs-gpu
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#mdrun-gpu -device $parameter1 -s pddtest.tpr


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# example runing pmemd.cuda
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#module load amber-11
#pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd -r restrt -x mdcrd -gpu $gpumachine



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