c3sl-sistemas.Rmd

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title: "Uso do sistema computacional do C3SL"
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# Introdução

O [C3SL][] (Centro de Computação Científica e Software Livre) da UFPR é
responsável por gerenciar toda a rede e a infra-estrutura física que
utilizamos nas aulas de Estatística Computacional I.

No começo do semestre, todo aluno recebe um login e uma senha para
acessar esse sistema, e que permanecerá válido até o final da sua
graduação. Isso significa que você poderá utilizar estes recursos em
qualquer disciplina futuramente. Por esse motivo, é importante saber
como funciona e como utilzar corretamente os recursos oferecidos pelo
C3SL.

Antes de mais nada, você deve ler as
[dúvidas frequentes sobre o suporte aos sistemas](http://www.inf.ufpr.br/dinf/faqs_suporte.html)
e saber as
[normas para uso do sistema computacional](http://www.inf.ufpr.br/dinf/Arquivos/normasuso_labsdinf.pdf).
As informações apresentadas aqui são apenas complementares às que já
existem nestes documentos.

Como todo o sistema é Linux, você deve saber no mínimo alguns poucos
comandos para utilizar o sistema corretamente. Um ponto de partida para
se familiarizar com o Linux e alguns comandos é
[Introdução ao uso do Linux](http://fernandomayer.github.io/linux-intro).

# Login e senha

O login geralmente será composto das iniciais do nome do aluno seguido
de dois dígitos do ano do GRR. Por exemplo, o aluno:

- João Alberto Silva
- GRR: 20161234

terá como login: `jas16`. A senha inicial será gerada aletoriamente, e
deve ser alterada depois do primeiro login.

o primeiro login deverá ser feito em um dos computadores dos
laboratórios. Depois disso, abra um terminal e digite

```{sh, eval=FALSE}
passwd
```

Será solicitado para você digitar uma nova senha e a confirmação.

<div class="panel panel-primary">
  <div class="panel-heading">Observação</div>
  <div class="panel-body">
  Ao digitar uma senha no terminal *em qualquer sistema Linux*, você não
  verá caracteres para representar a senha, e nem mesmo o cursor irá se
  mover. Isto é normal e garante maior segurança para os usuários.
  </div>
</div>

Se você não alterar sua senha em tempo hábil, então sua conta será
bloqueada. Para desbloquear veja:
[desbloqueando sua conta](http://www.inf.ufpr.br/dinf/faqs_suporte.html#contabloqueada).

Se você esqueceu a senha deverá seguir o procedimento descrito em:
[recuperando sua senha](http://www.inf.ufpr.br/dinf/faqs_suporte.html#senha).

# Espaço em disco

Por padrão todos os usuários do sistema possuem um limite de 2 GB de
espaço em disco e 30000 arquivos. Para verificar a sua quota, use o
comando

```{sh, eval=FALSE}
quota -s
```

o resultado desse comando deverá ser parecido com:

```
Cotas de disco para usuário fernandomayer (uid 1554):
Sistema de arquivos espaço   quota  limite   gracearquivos   quota  limite   grace
urquell.home:/home
                  1340K   1954M   2149M             164   30000   30000
urquell.home:/nobackup
                     4K   1954M   2149M               1       0       0
```

Na tabela acima, as informações se referem ao espaço utilizado
atualmente (`espaço`), a sua `quota` e o `limite` máximo disponível (em
MB), número de arquivos (`gracearquivos`), e `quota` e `limite` máximo
(em número de arquivos).


A primeira linha com `urquell.home:/home` mostra as informações
referentes aos arquivos armazenados no seu diretório `/home`, que por
padrão deve ser `/home/est/<login>` (onde `<login>` é o seu login). Você
pode verificar seu diretório com o comando

```{sh, eval=FALSE}
echo $HOME
```

A segunda linha com `urquell.home:/nobackup` é referente ao diretório
`/nobackup/est/<login>`, que é um diretório separado (e independente do
seu `/home`) que não possui limite de número de arquivos, apenas de
espaço em disco (também 2 GB). Este diretório pode ser utilizado como um
espaço adicional **apenas se necessário** pois como o próprio nome diz,
ele não pussui backup. Ou seja, se houver algum problema nos servidores,
você não terá como recuperar seus arquivos armazenados neste local. (O
C3SL mantém backups regulares de todos os diretórios em `/home`).

Para saber o espaço total utilizado em disco use o comando

```{sh, eval=FALSE}
du -shc
```

E para saber o espaço utilizado em disco por cada um dos diretórios,
faça

```{sh, eval=FALSE}
du -shc * | sort -nr
```

Para saber o tamanho dos arquivos e diretórios ocultos use

```{sh, eval=FALSE}
du -shc .[A-Z]* | sort -nr
```

# Acesso remoto

Você pode acessar a sua conta (incluindo arquivos e recursos
computacionais) nos sistemas do C3SL do seu computador de casa ou de
outro lugar (a partir de um sistema Linux).

Para isso você precisa saber quais são os nomes dos servidores
disponíveis para acesso:

- `orval` (uso geral, processamento)
- `macalan` (apenas acesso a arquivos)

Para acessar qualquer um destes servidores remotamente, você irá
utilizar o programa `ssh` (certifique-se de que ele esteja instalado no
seu sistema) da seguine forma:

```{sh, eval=FALSE}
ssh <login>@<servidor>.c3sl.ufpr.br
```

Onde `<login>` é o seu login e `<servidor>` é qualquer um da lista
acima.

<div class="panel panel-primary">
  <div class="panel-heading">Importante!</div>
  <div class="panel-body">
  Acessando sua conta utilizando qualquer um dos servidores listados
  acima, seus arquivos serão sempre os mesmos. A única diferença é a
  estrutura física do servidor.
  </div>
</div>

Por exemplo, para acessar meus arquivos pelo servidor `macalan`:

```{sh, eval=FALSE}
ssh fernandomayer@macalan.c3sl.ufpr.br
```

No primeiro acesso a qualquer um dos servidores (e apenas no primeiro)
deverá aparecer a seguinte menesagem

```
The authenticity of host 'macalan.c3sl.ufpr.br (200.17.202.6)' can't be established.
ECDSA key fingerprint is SHA256:DPIcGqSIoWJ6X0T6PnKmKrS5GyDzkXZyGnNx8P88U/w.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
```

Responda `yes` para guardar a chave e continuar o acesso. Com isso
deverá aparecer

```
Warning: Permanently added 'macalan.c3sl.ufpr.br,200.17.202.6' (ECDSA) to the list of known hosts.
fernandomayer@macalan.c3sl.ufpr.br's password:
```

Onde você deverá digitar sua senha, e o acesso é liberado.

É importante lembrar que o acesso remoto é restrito à linha de comando
(terminal), então você não poderá usar a interface do RStudio
remotamente, por exemplo. No entanto, outros recursos, como o R, estão
disponíveis via terminal e você pode executar diversos scripts
remotamente.

Se for solicitado que você crie chaves públicas, veja
[acesso remoto](http://www.inf.ufpr.br/dinf/faqs_suporte.html#remoto).

# Transferindo arquivos

## Do C3SL para sua máquina

Para copiar um arquivo ou diretório dos servidores do C3SL para a sua
máquina utilze o comando `scp`.

Da sua máquina faça:

```{sh, eval=FALSE}
scp -r <login>@<servidor>.c3sl.ufpr.br:/home/est/<login>/<diretório> .
```

(Note o ponto no final, ele significa "aqui" ou diretório atual). Por
exemplo, para copiar o diretório `ce083` e todo seu conteúdo que está na
minha pasta pessoal (`/home/est/fernandomayer/ce083`) para outro
computador

```{sh, eval=FALSE}
scp -r fernandomayer@bowmore.c3sl.ufpr.br:/home/est/fernandomayer/ce083 .
```

Isso irá copiar (e criar) o diretório `ce083` no diretório atual na
máquina onde o comando foi executado.

## Da sua máquina para o C3SL

Para fazer o caminho inverso, basta inverter a ordem no comando `scp`.
Por exemplo, se eu quiser enviar o diretório `ce083` para o servidor de
C3SL

```{sh, eval=FALSE}
scp -r ce083 fernandomayer@bowmore.c3sl.ufpr.br:/home/est/fernandomayer
```

<div class="panel panel-primary">
  <div class="panel-heading">Atenção!</div>
  <div class="panel-body">
  O comando `scp` irá sobrescrever todo o conteúdo de um diretório sem
  pedido de confirmação. Por isso tenha certeza antes de executar o
  comando.
  </div>
</div>





<!-- links -->

[C3SL]: http://www.c3sl.ufpr.br/