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cryspy.md

File metadata and controls

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CrySPY setup

基本的にマニュアル通りインストールすれば良い。

Install0.8.0

CrySPY0.8.0を使うには

  • find_wy
  • pymatgen
  • COMBO

が必要。

requirement.txtに

numpy >=1.10
scipy >= 0.16
Cython >= 0.22.1
pandas
pymatgen
notebook

と書いて

$ pip install -U -r requirement.txt

とすれば一発で入る。
※pymatgenのビルドが失敗した場合はpython-develを入れれば対応できる場合もある、共用計算機の場合はanacondaなどでインストールすると上手くいくときもある。

find_wy

マニュアル 通りインストールすれば良い

gfortranでコンパイルする場合、エラーが出るのでコードを修正する必要がある

COMBO

tsudalab/combo3から

git clone https://github.com/tsudalab/combo3.git

Warning:tsudalab/combo repository is the python2 version.

インストールしたら

cd combo3
python setup.py install

を実行しセットアップ。一度ディレクトリの外に出てから

(python) import combo

を実行し、エラーが出てないことを確認したら成功

Install0.9.0

CrySPY0.9.0を使うには

  • pyXtal
  • pymatgen
  • COMBO

が必要。マニュアルの通り、pyXtalがpython3.9に対応していないのでpython3.8を使う

requirement.txtに

numpy >=1.10
scipy == 1.5.4
Cython >= 0.22.1
mpi4py >= 2.0
PyXtal >= 0.1.6
pymatgen == 2020.12.31
notebook >= 6.2.0
pandas >= 1.2.1
matplotlib >= 3.3.4

と書いて

$ pip install -U -r requirement.txt

とすれば一発で入る。 ※pymatgenのビルドが失敗した場合はpython-develを入れれば対応できる場合もある、共用計算機の場合はanacondaなどでインストールすると上手くいくときもある。

COMBO

tsudalab/combo3から

git clone https://github.com/tsudalab/combo3.git

Warning:tsudalab/combo repository is the python2 version.
インストールしたら

cd combo3
python setup.py install

を実行しセットアップ。一度ディレクトリの外に出てから

(python) import combo

を実行し、エラーが出てないことを確認したら成功