Lembrando que o aplicativo base não tem qualquer dependência.

Explicar com detalhes o sistema de rotas:

.htaccess (os dois)
public/index.php
application/bootstrap.php
application/Core/Router.php (aqui inserir paradas e comentar...)

As 3 dependências/pacotes instalados são úteis, mas opcionais, podendo ser removidos.

Paginação (Dividir para view, controller e model)
Busca (Dividir para view, controller e model)
Usar o mais que puder de metdados dos SGBDs para tornar o aplicativo menos trabalhoso de codificar, puxando as informações diretamente do banco de dados usando os referidos metadados
Definir rota default no config.php e implementar no Router.php

Criar novas classes para usar:

Front

form com bons recursos: input, select, radio, check, etc
table
links
images
modal
popups com Bootstrap
tooltip com BS
datagrid

Arquivos de template:

header
footer