Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruieren, Übertragungswege aufzudecken und Resistenzen vorherzusagen. Die Integrierte Genomische Surveillance (IGS) von SARS-CoV-2 zielt darauf ab, die Verbreitung des Virus und insbesondere von besorgniserregenden Virusvarianten in der Bevölkerung zu überwachen sowie auftretende Veränderungen des Virus genau zu beobachten. Besondere Bedeutung kommt dabei der öffentlichen Bereitstellung der genomischen Daten zu, um Wissenschaftlern in Deutschland und weltweit die Möglichkeit zu eigenständigen Analysen zu eröffnen.
Im Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung wurden bis zum 31.05.2023 SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt. Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert (Djin Ye Oh et al. 2022). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen.
" ; - dct:issued "2024-01-24T15:00:02+01:00"^^xsd:dateTime ; - dct:modified "2024-01-24T15:00:33+01:00"^^xsd:dateTime ; + dct:issued "2024-01-31T15:00:02+01:00"^^xsd:dateTime ; + dct:modified "2024-01-31T15:00:24+01:00"^^xsd:dateTime ; dct:publisher [ a foaf:Organization ; foaf:mbox "opendata@rki.de" ; foaf:name "Robert Koch Institut" @@ -34,35 +34,35 @@ dct:licenseEin zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruieren, Übertragungswege aufzudecken und Resistenzen vorherzusagen. Die Integrierte Genomische Surveillance (IGS) von SARS-CoV-2 zielt darauf ab, die Verbreitung des Virus und insbesondere von besorgniserregenden Virusvarianten in der Bevölkerung zu überwachen sowie auftretende Veränderungen des Virus genau zu beobachten. Besondere Bedeutung kommt dabei der öffentlichen Bereitstellung der genomischen Daten zu, um Wissenschaftlern in Deutschland und weltweit die Möglichkeit zu eigenständigen Analysen zu eröffnen.
\nIm Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung wurden bis zum 31.05.2023 SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt. Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert (Djin Ye Oh et al. 2022). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen.
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\nIm Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung wurden bis zum 31.05.2023 SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt. Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert (Djin Ye Oh et al. 2022). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen.
\n","resource_type":{"id":"dataset"},"publication_date":"2024-01-31","creators":[{"person_or_org":{"type":"organizational","name":"Robert Koch-Institut"}}],"contributors":[],"publisher":"Zenodo","version":"2024-01-31","dates":[{"date":"2024-01-31T15:00:24+01:00","type":{"id":"created"},"description":"Date when the dataset was created"}],"languages":[{"id":"deu"}],"related_identifiers":[{"scheme":"url","relation_type":{"id":"issupplementto"},"identifier":"https://github.com/robert-koch-institut/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland","resource_type":{"id":"dataset"}},{"scheme":"url","relation_type":{"id":"isdocumentedby"},"identifier":"https://github.com/robert-koch-institut/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland/blob/main/Readme.md","resource_type":{"id":"publication-datapaper"}},{"scheme":"url","relation_type":{"id":"isdocumentedby"},"identifier":"https://github.com/robert-koch-institut/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland/blob/main/[Dokumentation]_SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland.pdf","resource_type":{"id":"publication-datapaper"}}],"rights":[{"id":"cc-by-4.0"}],"subjects":[{"subject":"COVID-19"},{"subject":"SARS-CoV-2"},{"subject":"Virussequenzen"},{"subject":"Genom"},{"subject":"Basensequenz"},{"subject":"Deutschland"},{"subject":"Viral Sequences"},{"subject":"Genome"},{"subject":"Base Sequence"},{"subject":"Open Data"},{"subject":"Offene Daten"},{"subject":"Deutschland"},{"subject":"Germany"},{"subject":"RKI"}],"custom_fields":{"legacy:communities":["robertkochinstitut"],"legacy:subjects":[{"term":"Gesundheitsberichterstattung","identifier":"info:ddc/22/de//614.42"},{"term":"Biochemische Genetik","identifier":"info:ddc/22/de//572.8"},{"term":"Epidemiologie","identifier":"info:ddc/22/de//614.4"},{"term":"Biochemical genetics","identifier":"info:ddc/22/eng//572.8"},{"term":"Public health surveillance","identifier":"info:ddc/22/eng//614.42"},{"term":"Epidemiology","identifier":"info:ddc/22/eng//614.4"}]}} \ No newline at end of file diff --git a/Metadaten/zenodo.json b/Metadaten/zenodo.json index efac774d..58bfd237 100644 --- a/Metadaten/zenodo.json +++ b/Metadaten/zenodo.json @@ -24,8 +24,8 @@ "Germany", "RKI" ], - "publication_date": "2024-01-24", - "version": "2024-01-24", + "publication_date": "2024-01-31", + "version": "2024-01-31", "upload_type": "dataset", "access_right": "open", "license": "CC-BY-4.0", @@ -63,8 +63,8 @@ ], "dates": [ { - "start": "2024-01-24T15:00:33+01:00", - "end": "2024-01-24T15:00:33+01:00", + "start": "2024-01-31T15:00:24+01:00", + "end": "2024-01-31T15:00:24+01:00", "type": "Collected", "description": "Date when the Dataset was created" } diff --git a/Readme.md b/Readme.md index ca36721b..397b2d14 100644 --- a/Readme.md +++ b/Readme.md @@ -8,13 +8,13 @@ Nordufer 20 --- **Zitieren** -Robert Koch-Institut (2024): SARS-CoV-2-Sequenzdaten aus Deutschland, Berlin: Zenodo. [DOI: 10.5281/zenodo.10561963](https://doi.org/10.5281/zenodo.10561963) +Robert Koch-Institut (2024): SARS-CoV-2-Sequenzdaten aus Deutschland, Berlin: Zenodo. [DOI: 10.5281/zenodo.10599944](https://doi.org/10.5281/zenodo.10599944) ## Informationen zum Datensatz und Entstehungskontext Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruieren, Übertragungswege aufzudecken und Resistenzen vorherzusagen. Die Integrierte Genomische Surveillance (IGS) von SARS-CoV-2 zielt darauf ab, die Verbreitung des Virus und insbesondere von besorgniserregenden Virusvarianten in der Bevölkerung zu überwachen sowie auftretende Veränderungen des Virus genau zu beobachten. Besondere Bedeutung kommt dabei der öffentlichen Bereitstellung der genomischen Daten zu, um Wissenschaftlern in Deutschland und weltweit die Möglichkeit zu eigenständigen Analysen zu eröffnen. -Im Rahmen der [Coronavirus-Surveillanceverordnung](https://www.gesetze-im-internet.de/corsurv/BJNR601910021.html) wurden bis zum 31.05.2023 [SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt](https://doi.org/10.5281/zenodo.10561963). Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert ([Djin Ye Oh *et al.* **2022**)](https://doi.org/10.1093/cid/ciac399). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen. +Im Rahmen der [Coronavirus-Surveillanceverordnung](https://www.gesetze-im-internet.de/corsurv/BJNR601910021.html) wurden bis zum 31.05.2023 [SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt](https://doi.org/10.5281/zenodo.10599944). Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert ([Djin Ye Oh *et al.* **2022**)](https://doi.org/10.1093/cid/ciac399). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen. ### Administrative und organisatorische Angaben @@ -31,7 +31,7 @@ Die Veröffentlichung der Daten, die Datenkuration sowie das Qualitätsmanagemen ### Datenerhebung -Das IMSSC2 Labornetzwerk besteht aus >20 labormedizinische Einrichtungen in 13 Bundesländern, die wöchentlich zufällig ausgewähltes SARS-CoV-2-positives Probenmaterial ans RKI senden. Hier erfolgt eine Ganzgenomsequenzierung sowie weiterführende phylogenetische und genombiologische Analysen, die eine Identifizierung der häufigsten in Deutschland zirkulierenden SARS-CoV-2 Linien ermöglicht. Die Ergebnisse werden auf der Webseite des RKI und in Fachzeitschriften zeitnah publiziert und tragen zur Bewertung der aktuellen epidemiologischen Lage von COVID-19 bei. Erweitert werden die IMSSC2 Daten durch Sequenzen, die durch das Nationales Konsiliarlaboratorium für Coronaviren erhoben werden. Die Daten aus beiden Quellen werden über GitHub und andere öffentliche Datenbanken der Öffentlichkeit zur Verfügung gestellt. Ebenfalls im Datensatz enthalten sind SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland die bis zum 31.05.2023 über den [Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH)](https://doi.org/10.5281/zenodo.10561963) an das RKI übermittelt wurden. +Das IMSSC2 Labornetzwerk besteht aus >20 labormedizinische Einrichtungen in 13 Bundesländern, die wöchentlich zufällig ausgewähltes SARS-CoV-2-positives Probenmaterial ans RKI senden. Hier erfolgt eine Ganzgenomsequenzierung sowie weiterführende phylogenetische und genombiologische Analysen, die eine Identifizierung der häufigsten in Deutschland zirkulierenden SARS-CoV-2 Linien ermöglicht. Die Ergebnisse werden auf der Webseite des RKI und in Fachzeitschriften zeitnah publiziert und tragen zur Bewertung der aktuellen epidemiologischen Lage von COVID-19 bei. Erweitert werden die IMSSC2 Daten durch Sequenzen, die durch das Nationales Konsiliarlaboratorium für Coronaviren erhoben werden. Die Daten aus beiden Quellen werden über GitHub und andere öffentliche Datenbanken der Öffentlichkeit zur Verfügung gestellt. Ebenfalls im Datensatz enthalten sind SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland die bis zum 31.05.2023 über den [Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH)](https://doi.org/10.5281/zenodo.10599944) an das RKI übermittelt wurden. ### Zuordnung von Viruslinien (basierend auf Pangolin) diff --git a/SARS-CoV-2-Entwicklungslinien_berichtet.tsv b/SARS-CoV-2-Entwicklungslinien_berichtet.tsv index 32b39e18..14b3edcd 100755 --- a/SARS-CoV-2-Entwicklungslinien_berichtet.tsv +++ b/SARS-CoV-2-Entwicklungslinien_berichtet.tsv @@ -434,22 +434,90 @@ EG.5 Rekombinant KB.3 EG.5 Rekombinant KB.4 EG.5 Rekombinant KL.1 EG.5 Rekombinant KL.1.1 -DV.7 Omikron DV.7 -DV.7 Omikron DV.7.1 -DV.7 Omikron DV.7.1.1 -DV.7 Omikron DV.7.1.2 -DV.7 Omikron DV.7.1.3 -DV.7 Omikron DV.7.1.4 -DV.7 Omikron DV.7.1.5 -DV.7 Omikron DV.7.1.6 -DV.7 Omikron DV.7.1.7 -DV.7 Omikron DV.7.1.8 -DV.7 Omikron DV.7.1.9 -DV.7 Omikron DV.7.2 -DV.7 Omikron JV.1 -DV.7 Omikron JV.2 -DV.7 Omikron KG.1 -DV.7 Omikron KG.2 +BA.2.86 Omikron 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+JN.1 Omikron JN.1.8.1 +JN.1 Omikron JN.1.9 +XBB Rekombinant EG.1 +XBB Rekombinant EG.1.1 +XBB Rekombinant EG.1.2 +XBB Rekombinant EG.1.3 +XBB Rekombinant EG.1.4 +XBB Rekombinant EG.1.4.1 +XBB Rekombinant EG.1.5 +XBB Rekombinant EG.1.6 +XBB Rekombinant EG.1.7 +XBB Rekombinant EG.1.8 +XBB Rekombinant EG.10 +XBB Rekombinant EG.10.1 +XBB Rekombinant EG.10.1.1 +XBB Rekombinant EG.11 +XBB Rekombinant EG.12 +XBB Rekombinant EG.13 +XBB Rekombinant EG.14 +XBB Rekombinant EG.2 +XBB Rekombinant EG.2.1 +XBB Rekombinant EG.2.2 +XBB Rekombinant EG.2.3 +XBB Rekombinant EG.2.4 +XBB Rekombinant EG.2.5 +XBB Rekombinant EG.3 +XBB Rekombinant EG.4 +XBB Rekombinant EG.4.1 +XBB Rekombinant EG.4.2 +XBB Rekombinant EG.4.3 +XBB Rekombinant EG.4.4 +XBB Rekombinant EG.4.5 +XBB Rekombinant EG.6 +XBB Rekombinant EG.6.1 +XBB Rekombinant EG.6.1.1 +XBB Rekombinant EG.6.1.2 +XBB Rekombinant EG.7 +XBB Rekombinant EG.8 +XBB Rekombinant EG.9 +XBB Rekombinant EG.9.1 XBB Rekombinant FE.1 XBB Rekombinant FE.1.1 XBB Rekombinant FE.1.1.1 @@ -648,6 +716,7 @@ XBB Rekombinant XBB.1.6 XBB Rekombinant XBB.1.7 XBB Rekombinant XBB.1.8 XBB Rekombinant XBB.1.9 +XBB Rekombinant XBB.1.9.2 XBB Rekombinant XBB.1.9.3 XBB Rekombinant XBB.1.9.4 XBB Rekombinant XBB.1.9.5 @@ -818,45 +887,6 @@ XBB.1.9.1 Rekombinant KC.1.1 XBB.1.9.1 Rekombinant KF.1 XBB.1.9.1 Rekombinant KF.2 XBB.1.9.1 Rekombinant XBB.1.9.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.2 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.3 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.4 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.4.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.5 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.6 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.7 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.1.8 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.10 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.10.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.10.1.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.11 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.12 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.13 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.14 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.2 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.2.1 -XBB.1.9.2 Rekombinant EG.2.2 -XBB.1.9.2 Rekombinant 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Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen. -date-released: '2024-01-24' +date-released: '2024-01-31' keywords: - COVID-19 - SARS-CoV-2 @@ -54,7 +54,7 @@ message: Cite me! url: >- https://robert-koch-institut.github.io/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland/ license: CC-BY-4.0 -doi: 10.5281/zenodo.10561963 -version: '2024-01-24T15:00:33+01:00' +doi: 10.5281/zenodo.10599944 +version: '2024-01-31T15:00:24+01:00' authors: - name: Robert Koch-Institut