ready for publish

0-introduktion.qmd

@@ -1,8 +1,8 @@
-# Introduktion
+# Introduktion {#sec-introduktion .unnumbered}
 
 Denne hjemmeside har til formål at klæde personale på som indsamler data i LIVING forskningsprojektet. Nogle procedure kan opdateres undervejs, hvis løbende kommer på bedre metoder. Alle ændringer vil ske på denne hjemmeside, hvorfor det er vigtigt at man orienterer sig på denne hjemmeside inden der skal foretages dataindsamling.
 
-For at sikre høj kvalitet i forskningsprojektet LIVING er det afgørende, at dataindsamlingen følger faste procedurer. Dette bidrager til ensartet indsamling af data, uanset hvilken medarbejder der foretager målinger og tests. Ud over at levere pålidelige data til forskningsprojektet, har manualen også til formål at sikre, at borgerne har en positiv oplevelse af at deltage. Inden borgerne undersøges, skal de underskrive en samtykkeerklæring, der giver Steno Diabetes Center Aarhus til at anvende resultaterne til forskningsformål. 
+For at sikre høj kvalitet i forskningsprojektet LIVING er det afgørende, at dataindsamlingen følger faste procedurer. Dette bidrager til ensartet indsamling af data, uanset hvilken medarbejder der foretager målinger og tests. Ud over at levere pålidelige data til forskningsprojektet, har manualen også til formål at sikre, at borgerne har en positiv oplevelse af at deltage. Inden borgerne undersøges, skal de underskrive en samtykkeerklæring, der giver Steno Diabetes Center Aarhus til at anvende resultaterne til forskningsformål.
 
 Det vurderes at testprocedurerne tager ca. 45 min.
 
@@ -13,7 +13,3 @@ Jonas Munk Jensen, Projektmedarbejder
 [Jonas.munk.jensen\@rm.dk](mailto:Jonas.munk.jensen@rm.dk){.email}
 
 Tlf: 24607984
-
-## Procedurer
-
-**@sec-afklarende-samtale** en beskrivelse af  

1-afklarende-samtale.qmd

@@ -1,4 +1,4 @@
-## Procedure for afklarende samtale
+# Procedure for afklarende samtale {#sec-afklarende-samtale}
 
 1.  REDcap kan med fordel åbnes på forhånd. Desuden kan borgeren oprettes og data fra henvisningen registreres på forhånd. Hvis borger ikke er egnet eller afviser at deltage, kan brugeren slettes igen.
 
@@ -25,9 +25,9 @@
 
 :::{.callout-tip}
 Hvis borger forholder sig kritisk i forhold til ventelisten, er der en mere nuanceret beskrivelse nedenfor**
+:::
 
 **Hvorfor får ikke alle borgere et tilbud med det samme?** *Når vi forsker i kommunale sundhedstilbud, er det vigtigt at finde ud af, om de virkelig virker. For at gøre det, bruger vi et ventelistedesign. Det betyder, at nogle borgere får tilbuddet med det samme, mens andre må vente lidt. Dette er nødvendigt for at kunne sammenligne og sikre, at eventuelle forbedringer skyldes selve tilbuddet og ikke andre faktorer.*
-:::
 
 *Evalueringer uden en kontrolgruppe – hvor alle får tilbuddet med det samme – kan nemlig være misvisende. Vi kan ikke være sikre på, at eventuelle forbedringer faktisk skyldes tilbuddet. Derfor bliver den slags forskning ofte kritiseret for at være upålidelig. Mange læger er derfor forsigtige med at anbefale kommunale sundhedstilbud, hvis dokumentationen ikke er solid nok.*
 
@@ -45,9 +45,9 @@ Hvis borger forholder sig kritisk i forhold til ventelisten, er der en mere nuan
 
 5.  Hvis borger ønsker at deltage underskrives en samtykkeerklæring. Borger har ret til ti dages betænkningstid.
 
-6.  Borger oprettes i REDCap (se manual for REDCap)
+6.  Borger oprettes i REDCap (@sec-redcap)
 
-7.  Punkter "1 besøg" udfyldes i REDCap og der foretages randomisering
+7.  Punkterne `Afklarende samtale og 1. måling` udfyldes i REDCap og der foretages randomisering
 
 8.  Uanset om borger kommer i interventions- eller kontrolgruppe skal der foretages målinger.
 

3-REDCap.qmd

@@ -1,4 +1,4 @@
-# Vejledning i brug af REDCap
+# Vejledning i brug af REDCap {#sec-redcap}
 
 ## Hvad er REDCap?
 

4-opsætning-af-aktivitetsmåler.qmd

@@ -1,4 +1,4 @@
-# Opsætning af aktivitetsmåler
+# Opsætning af aktivitetsmåler {#sec-opsætning-af-aktivitetsmåler}
 
 ## Download OmGui
 

5-HbA1c-apparat.qmd

@@ -1,57 +1,68 @@
-# Optisk kontrol
+# HbA1c apparat {#sec-hba1c-apparat}
 
-- Den optiske test disc er en særlig kassette, som følger med instrumentet. Den har til formål at teste instrumentets optiske funktioner.
+## Optisk kontrol {#sec-optisk-kontrol}
 
-- Optisk kontrol tager et øjeblik, og bør måles hver dag instrumentet skal anvendes til tests.
+-   Den optiske test disc er en særlig kassette, som følger med instrumentet. Den har til formål at teste instrumentets optiske funktioner.
 
-[![](ok1.png)](https://github.com/Jonasmunkjensen/LIVING/blob/main/pics/ok1.PNG)
-
-## Opbevaring
+-   Optisk kontrol tager et øjeblik, og bør måles hver dag instrumentet skal anvendes til tests.
 
-- Den optiske test disc må **IKKE** komme på køl men skal opbevares ved stuetemperatur.
+[![](ok1.png)](https://github.com/Jonasmunkjensen/LIVING/blob/main/pics/ok1.PNG)
 
-## Udfør optisk kontrol
+### Opbevaring
 
-1. Vælg `Kontroltest --> Optisk test`
+-   Den optiske test disc må **IKKE** komme på køl men skal opbevares ved stuetemperatur.
 
-2. Vælg `Åbn`. Åbn låget, indsæt optisk test disc og luk låget
+### Udfør optisk kontrol
 
-3. Vælg `flueben`. Efter få sekunder er testen færdig
+1.  Vælg `Kontroltest --> Optisk test`
 
-4. Vælg `flueben`. 
+2.  Vælg `Åbn`. Åbn låget, indsæt optisk test disc og luk låget
 
-5. Vælg `Åbn`. Åbn låget, fjern optisk test disc og gem den i etuiet
+3.  Vælg `flueben`. Efter få sekunder er testen færdig
 
-6. Luk låget. `Hovedskærmen` vises og apparatet er klar til at foretage hba1c målinger
+4.  Vælg `flueben`.
 
+5.  Vælg `Åbn`. Åbn låget, fjern optisk test disc og gem den i etuiet
 
-# Kvalitetskontrol af HbA1c kassetter
+6.  Luk låget. `Hovedskærmen` vises og apparatet er klar til at foretage hba1c målinger
 
-Der foretages kvalitetskontrol hver tredje måned. 
+## Kvalitetskontrol af HbA1c kassetter {#sec-kvalitetskontrol}
 
-## Opbevaring
+### Opbevaring
 
 -   HbA1c kontrollerne skal opbevares på køl ved en temperatur mellem 2°C og 8°C.
 
 -   I bliver orienteret når der leveres en ny pakke, så vi undgår at pakken ligger udenfor køl.
 
-## Pakkespecifikationer
+### Pakkespecifikationer
 
 -   Kontrollerne kommer i to niveauer (*niveau 1* og *niveau 2*).
 
 -   Hver pakke indeholder to sæt kontroller: 2 x *niveau 1* og 2 x *niveau 2*.
 
-## Holdbarhed
+### Hyppighed for kvalitetskontroller
 
 -   Efter åbning kan et sæt kontroller opbevares på køl og anvendes i op til 30 dage
 
 -   Uåbnede sæt kan opbevares indtil udløbsdatoen, som er angivet på pakken. Udløbsdatoen er normalt omkring et år.
 
+-   Der foretages kontrol 1 gang om måneden i følgende rul: 
+
+**1**: Første sæt kontroller (niveau 1+2) anbrydes og analyseres. Dette sæt kan nu holde sig i 30 dage på køl.
+
+**2**: En måned senere (ca. 30 dage) bruges det første sæt (niveau 1+2) til ny kvalitetskontrol, hvorefter sættes kasseres.
+
+**3**: En måned senere tages andet sæt kontroller i brug, som så igen kan holde sig i 30 dage på køl.
+
+**4**: En måned senere (ca. 30 dage) bruges det andet sæt (niveau 1+2) til ny analysering, hvorefter sættes kasseres.
+
+- Herefter er der brug for en ny pakke kontroller, som vil kunne dække de næste 4 måneders forbrug
+
 ::: callout-warning
 Inden udførelse af kontrol skal man sikre at apparatet angiver den rigtige enhed. Apparatet skal indstilles til at angive HbA1C som IFCC. Vælg `indstillinger` --\> `QC-måling` --\> `enheder` --\> `IFCC`
 :::
 
-## Udfør kvalitetskontrol
+### Udfør kvalitetskontrol
 
 1.  Nødvendige materialer
 
@@ -153,10 +164,10 @@ Inden udførelse af kontrol skal man sikre at apparatet angiver den rigtige enhe
 
 [![](qc23.png)](https://github.com/Jonasmunkjensen/LIVING/blob/main/pics/qc23.PNG)
 
-# Rengøring
+## Rengøring af HbA1c apparat {#sec-rengøring}
 
 Der er ingen standarter for hvor ofte apparatet skal rengøres. Fabrikanten anbefaler faktisk kun rengøring og desinficering, hvis der ses synligt støv eller snavs, eller hvis der er et spild. Fx hvis en kassette ikke har været lukket korrekt inden det sættes i instrumentet, og prøvematerialet slynges ud af kassetten under centrifugering - dette medfører dog også en fejlmeddelelse, og analysen stopper, hvorefter der skal rengøres indvendigt.
 
-Til rengøring indvendig benyttes wetwipes som indeholder 70% ethanol. 
+Til rengøring indvendig benyttes wetwipes som indeholder 70% ethanol.
 
 Til udvendig rengøring benyttes tørre, bløde og fnugfri klude.

6-Samtykkeerklæring.qmd

@@ -0,0 +1,29 @@
+# Samtykkeerklæring {#sec-samtykkeerklæring}
+
+**Informeret samtykke til deltagelse i et sundhedsvidenskabeligt forskningsprojekt**
+
+Forskningsprojektets titel: LIVING – fysisk aktivitet i et kommunalt uddannelsestilbud til borgere med type 2-diabetes.
+
+**Erklæring fra deltager i forskningsprojektet:**
+
+Jeg har fået skriftlig og mundtlig information, og jeg ved nok om formål, metode, fordele og ulemper til at sige ja til at deltage. Jeg ved, at det er frivilligt at deltage, og at jeg altid kan trække mit samtykke tilbage uden at miste mine nuværende eller fremtidige rettigheder til behandling. Jeg giver samtykke til, at deltage i forskningsprojektet, og har fået en kopi af dette samtykkeark samt en kopi af den skriftlige information om projektet til eget brug.
+
+Navn på deltager i forskningsprojektet: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
+
+Dato: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
+
+Underskrift: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
+
+Ønsker du at blive informeret om forskningsprojektets resultat samt eventuelle konsekvenser for dig?:
+
+Ja \_\_\_\_\_\_ (sæt x) Nej \_\_\_\_\_\_ (sæt x)
+
+**Erklæring fra den, der afgiver information:**
+
+Jeg erklærer, at deltageren i forskningsprojektet har modtaget mundtlig og skriftlig information om undersøgelsen. Efter min overbevisning er der givet tilstrækkelig information til, at der kan træffes beslutning om deltagelse i undersøgelsen.
+
+Navnet på den, der har afgivet information: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
+
+Dato: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
+
+Underskrift: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_

7-udstyrsliste.qmd

@@ -0,0 +1,23 @@
+# Udstyrsliste {#sec-udstyrsliste}
+
+**Langtidblodsukker**
+
+-   [ ] Cobas B 101 apparat
+-   [ ] 20 kasser Hba1c test kits (200 stk)
+-   [ ] 1 kasse fingerprikker (2oo stk)
+-   [ ] Kasser til kalibrering sendes direkte fra fabrikken til sundhedscenteret løbende
+
+**Aktivitetsmåler**
+
+-   [ ] 20 Axivity AX3 aktivitetsmåler
+-   [ ] 1 ladestation
+-   [ ] 10 ladekabler
+-   [ ] 250 stk opsite flex tape
+-   [ ] 2 pakker Mesoft compression (200 stk)
+-   [ ] 100 Kuverter med 4x tape, 1x Mesoft compression og manual
+-   [ ] 100 stk engangsskrabere
+
+**Informationsmateriale**
+
+-   [ ] 50 stk deltagerinformation
+-   [ ] 50 stk samtykkeerklæringer

_quarto.yml

@@ -16,6 +16,9 @@ book:
     - 3-REDCap.qmd
     - 4-opsætning-af-aktivitetsmåler.qmd
     - 5-HbA1c-apparat.qmd
+  appendices:
+    - 6-Samtykkeerklæring.qmd
+    - 7-udstyrsliste.qmd
 cookie-consent:
   type: express
   palette: light

index.qmd

@@ -1,10 +1,13 @@
 ---
+format: 
+  html: default
+  pdf: default
 execute: 
   echo: false
 ---
 
-::: {style="opacity: 0"} 
-# Cover Page {.unnumbered .unlisted} 
+::: {.content-hidden when-format="html"}
+# Forside {.unnumbered .unlisted}
 :::
 
 ```{r}

publish.yml

@@ -0,0 +1,41 @@
+on:
+  workflow_dispatch:
+  push:
+    branches: main
+
+name: Quarto Publish
+
+jobs:
+  build-deploy:
+    runs-on: ubuntu-latest
+
+    steps:
+      - name: Check out repository
+        uses: actions/checkout@v3
+
+      - name: Set up Quarto
+        uses: quarto-dev/quarto-actions/setup@v2
+        with:
+          tinytex: true
+
+      - name: Set up R
+        uses: r-lib/actions/setup-r@v2
+        with:
+          use-public-rspm: true
+
+
+      - name: Setup R dependencies
+        uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
+        with:
+           packages:
+             any::knitr
+             any::rmarkdown
+             any::ggplot2
+
+      - name: Publish to GitHub Pages (and render)
+        uses: quarto-dev/quarto-actions/publish@v2
+        with:
+          target: gh-pages
+        env:
+          GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
+