start of simple csq stuff

scripts/csq.lua

@@ -0,0 +1,74 @@
+CSQ = {}
+CSQ.__index = CSQ
+
+function CSQ.new(fields, header)
+    -- if fields is a string then split on |
+    if type(fields) == "string" then
+        fields = string.split(fields, "|")
+    end
+    -- now fill a table with keys from header and values from fields
+    local self = setmetatable({}, CSQ)
+    for i, field in ipairs(fields) do
+        self[header[i]] = field
+    end
+    return self
+end
+
+function CSQ:__tostring()
+    local fields = {}
+    for k, v in pairs(self) do
+        table.insert(fields, k .. "=" .. v)
+    end
+    return table.concat(fields, ";")
+end
+
+NUMBER_FIELDS = { "AF", "AFR_AF", "AMR_AF", "ASN_AF", "EUR_AF", "EAS_AF", "SAS_AF", "AA_AF", "EA_AF",
+    "gnomAD_AF", "gnomAD_AFR_AF", "gnomAD_AMR_AF", "gnomAD_ASJ_AF", "gnomAD_EAS_AF", "gnomAD_FIN_AF", "gnomAD_NFE_AF",
+    "gnomAD_OTH_AF",
+    "gnomAD_SAS_AF", "gnomAD_NFE_NWE_AF", "gnomAD_NFE_SEU_AF", "gnomAD_NFE_SWE_AF", "gnomAD_NFE_ONF_AF",
+    "gnomAD_NFE_EST_AF", "gnomAD_NFE_MED_AF", "gnomAD_NFE_SCA_AF",
+    "gnomAD_NFE_BAL_AF", "gnomAD_NFE_IBS_AF", "gnomAD_NFE_TSI_AF", "gnomAD_NFE_FOE_AF", "gnomAD_NFE_NWE_AF",
+    "gnomAD_NFE_SEU_AF", "gnomAD_NFE_SWE_AF", "gnomAD_NFE_ONF_AF",
+    "gnomAD_NFE_EST_AF", "gnomAD_NFE_MED_AF", "gnomAD_NFE_SCA_AF", "gnomAD_NFE_BAL_AF", "gnomAD_NFE_IBS_AF",
+    "gnomAD_NFE_TSI_AF", "gnomAD_NFE_FOE_AF", "gnomAD_NFE_NWE_AF",
+    "gnomAD_NFE_SEU_AF", "gnomAD_NFE_SWE_AF", "gnomAD_NFE_ONF_AF", "gnomAD_NFE_EST_AF", "gnomAD_NFE_MED_AF",
+    "gnomAD_NFE_SCA_AF", "gnomAD_NFE_BAL_AF", "gnomAD_NFE_IBS_AF",
+    "gnomAD_NFE_TSI_AF", "gnomAD_NFE_FOE_AF", "gnomAD_NFE_NWE_AF", "gnomAD_NFE_SEU_AF", "gnomAD_NFE_SWE_AF",
+    "gnomAD_NFE_ONF_AF", "gnomAD_NFE_EST_AF", "gnomAD_NFE_MED_AF",
+    "gnomAD_NFE_SCA_AF", "gnomAD_NFE_BAL_AF", "gnomAD_NFE_IB",
+    "MAX_AF", "MAX_AF_POPS", }
+-- if the field starts with gnomAD_ also add gnomADe_... and gnomADg_...
+add_gnomad = {}
+for _, field in ipairs(NUMBER_FIELDS) do
+    if string.match(field, "^gnomAD_") then
+        print(string.gsub(field, "^gnomAD_", "gnomADe_"))
+        add_gnomad[#add_gnomad + 1] = string.gsub(field, "^gnomAD_", "gnomADe_")
+        add_gnomad[#add_gnomad + 1] = string.gsub(field, "^gnomAD_", "gnomADg_")
+    end
+end
+-- now add the new fields to the list
+for _, field in ipairs(add_gnomad) do
+    table.insert(NUMBER_FIELDS, field)
+end
+-- now convert NUMBER_FIELDS to a set
+local number_fields = {}
+for _, field in ipairs(NUMBER_FIELDS) do
+    number_fields[field] = true
+end
+NUMBER_FIELDS = number_fields
+
+function CSQ:__index(key)
+    if NUMBER_FIELDS[key] then
+        return tonumber(self[key])
+    else
+        return self[key]
+    end
+end
+
+header = { "Allele", "Consequence", "IMPACT", "cDNA_position", "AF" }
+vals = "A|missense_variant|MODERATE|c.1A>G|1.1e-05"
+
+c = CSQ.new(vals, header)
+print(tostring(c))
+print(c.Allele)
+print(c.AF)