Dodatkowa dokumentacja

Funkcja get_frames usuwa/dodaje nukleotydy w następujący sposób:

Dodajemy nukleotydy zawsze do końca sekwencji po lewej stronie do seq2 lub flanks5
po prawej stronie do seq1 lub loop

małe litery to wstawka (seq1, seq2)
duże litery to miRNA (flanking3, flanking5, loop)

1)jeżeli którykolwiek koniec jest 0 to wtedy po prostu dobudowujesz tam gdzie brakuje

prawa:
aaaagggg  .AAAAGGGG  
ttttcccc  TTTTTCCCC  

aaaaggggaAAAAGGGG  
ttttccccTTTTTCCCC

aaaaggg.  AAAAAGGGG  
ttttcccc  TTTTTCCCC  

aaaaggggAAAAAGGGG  
ttttccccTTTTTCCCC

aaaagggg  AAAAAGGGG  
ttttccc.  TTTTTCCCC  

aaaaggggAAAAAGGGG  
ttttcccCTTTTTCCCC

aaaagggg  AAAAAGGGG  
ttttcccc  .TTTTCCCC  

aaaaggggAAAAAGGGG  
ttttccccTTTTTCCCC

lewa:
AAAAGGGG  .aaaagggg  
TTTTCCCC  tttttcccc  

AAAAGGGGAaaaagggg  
TTTTCCCCtttttcccc

AAAAGGGG  aaaaagggg  
TTTTCCCC  .ttttcccc  

AAAAGGGGAaaaagggg  
TTTTCCCCtttttcccc

2. jeżeli wstawka jest +1, a miRNA +2 to wtedy dobudowujesz jeden nukleotyd brakujący oraz jeżeli wstawka jest +2, a miRNA +1 to też

prawa:
aaaagggg  .AAAAGGGG  
ttttcc..  TTTTTCCCC  

aaaaggggAAAAGGGG  
ttttccCTTTTTCCCC 

lewa:
AAAAGG..  aaaaagggg  
TTTTCCCC  .ttttcccc  

AAAAGGGaaaaagggg  
TTTTCCCCttttcccc

3. jeżeli wstawka jest +1 lub +2 i miRNA jest -1 lub -2 to ucinasz wystający koniec miRNA i dobudowujesz to końca wstawki

prawa:
aaaagggg   AAAAGGGG  
ttttcc..   ..TTCCCC  

aaaaggggAAGGGG
ttttccCCTTCCCC

lewa:
AAAAGGGGGG  aaaaaagggg  
TTTTCCCC..  ..ttttcccc  

AAAAGGGGaaaaaagggg  
TTTTCCCCttttttcccc 

4)jeżeli wstawka jest -1 a miRNA -2 lub wstawka -2 a miRNA -1 to wtedy dobudowujesz brakujący nukleotyd

prawa:
aaaagggg.  AAAAGGGG  
ttttccccc  ..TTCCCC  

aaaaggggAAAAGGGG  
ttttcccccTTTCCCC

lewa:
AAAAGG.. aaaaagggg  
TTTTCCCC .ttttcccc  

AAAAGGGaaaaagggg  
TTTTCCCCttttcccc 

5)jeżeli wstawka -1/-2, a miRNA +1/+2 to ucinasz koniec miRNA i dobudowujesz nukleotydy do wstawki

prawa:
aaaagggg..  ..AAAAGGGG  
ttttcccccc  CCTTTTCCCC  

aaaaggggggAAAAGGGG  
ttttccccccTTTTCCCC 

lewa:
AAAAGG.. ..aaagggg  
TTTTCCCC tttttcccc  

AAAAGGAAaaagggg  
TTTTCCtttttcccc

Funkcja score_frame
jeżeli któraś z części (flanks5, seq1, loop, seq2) jest większa/mniejsza wtedy wpływa to na wszystkie kolejne części
jeżeli flanks3 są mniejsze w reagencie niż w miRNA z bazy wtedy pływa to na nią