Dodatkowa dokumentacja

Funkcja get_frames usuwa/dodaje nukleotydy w następujący sposób:

Dodajemy nukleotydy zawsze do końca sekwencji po lewej stronie do seq2 lub flanks3 po prawej stronie do seq1 lub loop

1)jeżeli którykolwiek koniec jest 0 to wtedy po prostu dobudowujesz tam gdzie brakuje

prawa:
aaaagggg  .AAAAGGGG  
ttttcccc  TTTTTCCCC  

aaaaggggaAAAAGGGG  
ttttccccTTTTTCCCC

aaaaggg.  AAAAAGGGG  
ttttcccc  TTTTTCCCC  

aaaaggggAAAAAGGGG  
ttttccccTTTTTCCCC

aaaagggg  AAAAAGGGG  
ttttccc.  TTTTTCCCC  

aaaaggggAAAAAGGGG  
ttttcccCTTTTTCCCC

aaaagggg  AAAAAGGGG  
ttttcccc  .TTTTCCCC  

aaaaggggAAAAAGGGG  
ttttcccCTTTTTCCCC

prawa:
AAAAGGGG  .aaaagggg  
TTTTCCCC  tttttcccc  

AAAAGGGGAaaaagggg  
TTTTCCCCtttttcccc

AAAAGGGG  aaaaagggg  
TTTTCCCC  .ttttcccc  

AAAAGGGGAaaaagggg  
TTTTCCCCtttttcccc

2. jeżeli wstawka jest +1, a miRNA +2 to wtedy dobudowujesz jeden nukleotyd brakujący oraz jeżeli wstawka jest +2, a miRNA +1 to też

prawa:
aaaagggg  .AAAAGGGG  
ttttcc..  TTTTTCCCC  

aaaaggggAAAAGGGG  
ttttccCTTTTTCCCC 

lewa:
AAAAGG..  aaaaagggg  
TTTTCCCC  .ttttcccc  

AAAAGGGaaaaagggg  
TTTTCCCCttttcccc

3. jeżeli wstawka jest +1 lub +2 i miRNA jest -1 lub -2 to ucinasz wystający koniec miRNA i dobudowujesz to końca wstawki

prawa:
aaaagggg   AAAAGGGG  
ttttcc..   ..TTCCCC  

aaaaggggAAGGGG
ttttccCCTTCCCC

lewa:
AAAAGGGGGG  aaaaaagggg  
TTTTCCCC..  ..ttttcccc  

AAAAGGGGaaaaaagggg  
TTTTCCCCttttttcccc 

4)jeżeli wstawka jest -1 a miRNA -2 lub wstawka -2 a miRNA -1 to wtedy dobudowujesz brakujący nukleotyd

prawa:
aaaagggg.  AAAAGGGG  
ttttccccc  ..TTCCCC  

aaaaggggAAAAGGGG  
ttttcccccTTTCCCC

lewa:
AAAAGG.. aaaaagggg  
TTTTCCCC .ttttcccc  

AAAAGGGaaaaagggg  
TTTTCCCCttttcccc 

5)jeżeli wstawka -1/-2, a miRNA +1/+2 to ucinasz koniec miRNA i dobudowujesz nukleotydy do wstawki

prawa:
aaaagggg..  ..AAAAGGGG  
ttttcccccc  CCTTTTCCCC  

aaaaggggggAAAAGGGG  
ttttccccccTTTTCCCC 

lewa:
AAAAGG.. ..aaagggg  
TTTTCCCC tttttcccc  

AAAAGGAAaaagggg  
TTTTCCtttttcccc

Funkcja COMPARE jeżeli któraś z części (flanks5, seq1, loop, seq2) jest większa/mniejsza wtedy wpływa to na wszystkie kolejne części jeżeli flanks3 są mniejsze w reagencie niż w miRNA z bazy wtedy pływa to na nią